A OIKOS atua na elaboração de zoneamentos e planos de ordenamento territorial. O Zoneamento Ecológico-Econômico (ZEE) é um dos instrumentos usados por instituições de governo para formularem políticas públicas e o ordenamento territorial. Os ZEEs estaduais ou regionais executados pela OIKOS, têm como referência as diretrizes metodológicas desenvolvidas pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA), que evidenciam as integrações de informações dos meios físico, biótico, socioeconômico e jurídico-institucional voltadas para a compartimentação das paisagens em zonas ecológico-econômicas.
Nos trabalhos, as equipes multidisciplinares da OIKOS avaliam as zonas em termos de potencialidade social e vulnerabilidade ambiental, e traçam diretrizes gerais e específicas de uso e ocupação das terras voltadas para expansão/consolidação da produção, recuperação/conservação de áreas críticas e, proteção/preservação (áreas institucionais). Nesse modelo, a participação da sociedade é intensa, pautada sobre a construção de um pacto que leve ao desenvolvimento socioambiental.